在琼脂糖电泳中Tris缓冲液该如何选择?

发布时间:

2022-01-03


Tris缓冲液广泛用于DNA琼脂糖电泳。配置的溶液适用于天然双链DNA的电泳,它们包括Tris-乙酸盐和EDTA缓冲液(pH8.0,TAE,也称为E缓冲液)、Tris-硼酸盐和EDTA电泳缓冲液(TBE)或Tris-磷酸盐和EDTA电泳缓冲液(TPE),工作浓度约50mmol/L,pH7.5~7.8。各种电泳缓冲液通常配制成浓溶液于温室存放。这些缓冲液都非常有效,选择哪一种使用主要看个人工作习惯。

尽管不同形式的DNA的分辨率及其在电泳过程中的迁移率存在一些差异,但这些Tris缓冲液通常可以互换使用。TBE中的硼酸盐离子会抑制许多酶,因此如果在电泳后不进行某种类型的DNA纯化,一些酶介导的下游操作可能不起作用。因此,在大多数DNA实验室中,TAE缓冲液在日常使用中受到青睐。

TAE的缓冲容量低,如长时间电泳会被消耗。此时凝胶的阳极一侧将发生酸性化,凝胶中向阳极迁移的溴酚蓝的颜色呈现从蓝紫色到黄色的变化。该颜色变化从pH4.6开始,到pH3.0终止。定期更换缓冲液或调换两个电极池的缓冲液可以防止TAE的消耗。TBE和TPE比TAE花费稍贵些,但是它们有高得多的缓冲容量。

双链线状DNA片段在TAE中比在TBE或TPE中迁移速率快10%左右。对于高分子质量DNA,TAE的分辨率高于TBE或TPE;对于低分子质量DNA,TAE要差些。此差别也许解释下述现象:高度复杂混合物中的DNA片段,如哺乳类动物DNA,用TAE电泳可有较高分辨率。因此,用于分析复杂基因组的Southern印迹均用TAE作为电泳缓冲液制备凝胶和电泳。超螺旋DNA在TAE中的电泳分辨率要好于TBE。

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